עמותת בוגרי יחידת רפאים תהווה בית חם לחבריה- לוחמים ומטה היחידה. העמותה תקיים קהילה מקדמת ותומכת אשר מתעלת את ההון האנושי הגלום בבוגרי היחידה ובניסיונם הצבאי הייחודי לעידוד מנהיגות מובילה, קיום יוזמות ושיתופי פעולה ולעשייה משמעותית יחד למען החברה הישראלית. העמותה תפעל למימוש מלא של מטרותיה אשר הן- הנצחת נופלי היחידה, קידום ופיתוח הבוגרים, סיוע לנפגעי הנפש, התנדבויות בחברה הישראלית ומעטפת ללוחמי היחידה הסדירה.